株式会社との大きな違いはその内部構成が簡略化されている面です。社員の数は原則５０人を超えられず会社の業務執行・代表権限は取締役に限られています。取締役会や代表取締役などの機関は採用されていません。監査役についても置く置かないは自由です。
会社の意思決定最高機関は社員総会です。ちょうど株式会社の株主総会にあたります。ただし、その決議方法には「書面又は電磁的方法による決議」が認められ、株主総会よりも簡便になっています。
社員の持分譲渡にも株主との違いがみられます。つまり、持ち分譲渡は自由でなく社員以外の者への譲渡は社員総会の承認が必要になってきます。
株式会社とは違い有限会社は非公開的・閉鎖的性質があります。このようなことから、有限会社は人数も多くはなく中小企業経営によく用いられる会社形態になります。
資本金は３００万円が最低基準とされています。
特例でよく言われる「１円会社」がありますが、つまり資本金の制約の３００万円を一定期間内（５年）は免除するということです。しかし、これとても期間内に３００万円以上の資本金にしなければならないことは、結局同じです。また、開業必要費用は「１円会社」でも当然に同じようにかかりますので注意してください。
